La Chiesa di S. Michele Arcangelo S.S. è risalente al IX secolo, una delle costruzioni religiose più antiche della zona. L'edificio sorge dove un tempo vi erano mura e castello,
I vari dipinti all'interno della Chiesa risalgono al XV secolo. Tra i soggetti più ricorrenti San Michele, essendo la chiesa dedicata a lui, ma anche sant’Ambrogio, qui in diverse raffigurazioni, la sua insistita presenza testimonierebbe il ricordo degli anni milanesi di Antegnate. Viene raffigurato anche San Francesco, chiaramente identificabile dalle stigmate, e del suo discepolo Bernardino da Siena.
Ancora Mariano è un altro capolavoro custodito nella basilica di Antegnate, posto nel coro: una rara Madonna del parto, dipinto secentesco di Antonio Cifrondi, davanti al quale tante donne in attesa hanno invocato alla Vergine sostegno e protezione per le creature del loro grembo.
Una scala (Scala Santa), porta dietro il presbiterio a un raccolto santuario destinato ad accogliere la statua della Madonna del Rosario. Il Santuario rococò, che venne poi realizzato nel XVIII secolo, appare ancor oggi come un tripudio di marmi e di stucchi, affacciato e aperto com’è sulla sottostante parrocchiale.
Nei secoli sono state fatte molte modifiche sia a livello strutturale che artistico sia all'interno che all'esterno. Nel 900 c'è stato un radicale restauro che ha riportato l'edificio all'antico splendore. Il restauro ha comportato l'abbassamento del piano dell'aula al livello originale, la rimozione degli altari laterali aggiunti, la scoperta dei pilastri degli archi ogivali e delle tavelle dipinte del soffitto, lo stacco di alcuni affreschi destinati ad ornare le pareti dei pilastri delle prime due campate aggiunte all'edificio quattrocentesco nei primi del seicento. La rimozione dei vari rifacimenti ha permesso soprattutto di riportare alla luce un notevole ciclo pittorico ad affresco che va dal XIV al XVII secolo.
Due sono le torri campanarie, la prima adiacente alla Chiesa nella parte posteriore, d'epoca romanica, cuspidata conica, tutta in materiale laterizio, essa segue i moduli romanico-lombardi di torre campanaria con 4 finestrelle a ogiva. Mentre la seconda distaccata dal corpo centrale della Chiesa fu costruita nel 1710 (data incisa sull'architrave della porta). La cella campanaria è dotata di un possente concetto campanario in si bemolle maggiore.
Facciata d'ingresso della Chiesa di S. Michele Arcangelo S.S. IX secolo. Si nota la cuspide conica del primo campanile d'epoca romanica nella parte posteriore. Sulla destra distaccato dalla Chiesa, il secondo campanile. Nel piazzale antistante, il monumento ai caduti della prima guerra mondiale.